La coordination de la Commission Européenne est assurée par 10 membres issus du Collège de Direction et sur proposition du président. Cette coordination consiste aussi à organiser des réunions des membres d'honneur et des correspondants internationaux et de collecter leurs avis. Tout membre du Collège de Direction peut participer à la Commission Européenne
Pour ce faire, elle s'organise autour de 4 axes :
1. Les enseignements
Informer et recenser, en liaison avec des organismes européens, tel que le Conseil de l'Europe, tous les enseignements théoriques et pratiques autour de la psychanalyse, au sein des associations, à l'Université, dans d'autres lieux culturels. Développer différentes formes de transmission : séminaires, groupes de travail, cartels, cours, colloques, journées, congrès, ainsi que les espaces inter-associatifs.
2) La formation à la praxis de la psychanalyse
Issue de la tradition clinique strasbourgeoise, la constitution d'une Ecole se donne pour principe le " compagnonnage " pour des postulants à la pratique de la psychanalyse par des psychanalystes européens expérimentés et une formation théorique diversifiée pour la formation à l'analyse, tout en réaffirmant l'intangibilité des trois volets fondamentaux de la formation des analystes : analyse didactique, analyse de contrôle et enseignements théoriques.Par extension, la cure psychanalytique et les principes de l'Ecole contribuent à éclairer les pratiques psychothérapeutiques et dites analytiques.
3) La recherche
Soutenir les recherches théoriques et cliniques en Europe au sein du champ psychanalytique et préciser ses outils scientifiques. Offrir les outils techniques et bibliographiques pour permettre à chacun des membres d'effectuer un travail de recherche et en faciliter la diffusion.
4) Défense et représentativité de la profession
Par le biais de représentants mandatés pour représenter la Fédération par rapport aux pouvoirs publics, aux instances européennes et aux autres institutions.
En participant à tous les débats français et européens impliquant le psychanalyste et son éthique dans ses fonctions sociales et dans ses fonctions thérapeutiques dans la perspective de l'émergence d'un véritable système actualisé de santé publique européen et international.